中国农业大学-新墨西哥州立大学水科学与工程联合研究中心的筹建起源于副校长李召虎2014年夏天访问新墨西哥州立大学时的会谈，经两校磋商，新墨西哥州立大学的水资源研究所和我校中国农业水问题研究中心商定建立联合研究中心，2015年5月合作协议正式签署，双方开始正式进行科研合作和联合培养学生。

2015年10月16日，中国农业大学-美国新墨西哥州立大学水科学与工程联合研究中心举行揭牌仪式。校长柯炳生会见了美国新墨西哥州立大学执行副校长兼教务长Daniel J. Howard、水资源研究中心主任Sam Fernald一行。副校长龚元石、Daniel J. Howard为联合研究中心揭牌。中国工程院院士、中国农业水问题研究中心主任、中国农业大学水利与土木工程学院教授康绍忠，中国农业大学国际合作与交流处处长冯伟哲，中国农业大学水利与土木工程学院院长严海军、院党委书记杨培岭，中国农业大学国际学院院长、水利与土木工程学院教授黄冠华等出席揭牌仪式。